Ngày cập nhật 9 Tháng Tư 2012
Trong khi những bàn luận về mặt lý thuyết đề cập tới một loạt các khía cạnh thì có ba vấn đề mấu chốt được bàn tới đó là xu hướng gây ra phản ứng dị ứng (tính dị ứng), chuyển gen và sự giao phối cùng giống.
Tính dị ứng.
Về nguyên tắc, người ta không khuyến khích việc chuyển các gen từ thực phẩm gây dị ứng thông thường trừ phi có thể chứng minh rằng sản phẩm protein của gen được chuyển này không gâydị ứng. Trong khi các loại thực phẩm được phát triển theo cách thông thường nhìn chung không bị kiểm tra về tính dị ứng thì các thủ tục kiểm tra tính dị ứng của thực phẩm biến đổi gen được đánh giá bởi Tổ chức nông lương của Liên hiệp quốc và Tổ chức y tế thế giới. Cho tới nay, người ta không phát hiện thấyảnh hưởng gây dị ứng có liên quan tới thực phẩm biến đổi gen hiện có bán trên thị trường.
Chuyển gen.
Việc chuyển gen từ các thực phẩm biến đổi gen sang các tế bào của cơ thể hay sang vi khuẩn ở hệ tiêuhoá có thể gây ra lo lắng rằng liệu thành phần gen được chuyển này có ảnh hưởngkhông tốt tới sức khoẻ con người không. Đặc biệt là những lo lắng có liên quan tới việc chuyển gen kháng thuốc kháng sinh được sử dụng để tạo ra các sinh vật biến đổi gen. Mặc dù khả năng chuyển các gen này là rất thấp nhưng một uỷ ban bao gồm các chuyên gia của FAO/WHO gần đây đã khuyến khích sử dụng công nghệ này mà không có các gen kháng thuốc kháng sinh.
Giao phối cùng giống.
Việc chuyểncác gen từ cây trồng GM vào cây trồng thông thường hay các loài có liên quantrong tự nhiên (được đề cập ở đây là giao phối cùng giống?, cũng như việc lẫn lộn các cây trồng có nguồn gốc từ các hạt giống thông thường với những câytrồng biến đổi gen, có thể có ảnh hưởng gián tiếp tới an toàn thực phẩm và an ninh lương thực. Rủi ro này là có thực như đã thấy khi phát hiện ra một loạingô chỉ được chuẩn y làm thức ăn gia súc lại xuất hiện trong các sản phẩm làm từ ngô dùng làm thức ăn cho con người ở Hoa kỳ. Một số nước đã thông qua các chiến lược nhằm làm hạn chế sự lẫn lộn, bao gồm phân biệt rõ các lĩnh vực trongđó cây trồng GM và cây trồng thông thường được trồng
Để tiếp tục kiểm soát về sự an toàn của hàng thực phẩm biến đổi gen, tính khả thi và các biện pháp kiểm soát sau khi đưa ra thị trường đối với các sản phẩm thực phẩm GM đang được thảo luận.
